根据《物权法》《担保法》的相关规定，乡镇、村企业的建设用地使用权不得单独抵押。以乡镇、村企业的厂房等建筑物抵押的，其占用范围内的建设用地使用权一并抵押。按照《农村集体土地使用权抵押登记的若干规定》的规定：“集体荒地土地使用权和乡村企业集体土地使用权抵押须经被抵押土地的集体土地所有者同意，并出具书面证明。”“因处分抵押财产转移乡村企业集体土地使用权时，应当由土地管理部门依法先办理征地手续，将抵押土地转为国有，然后再按抵押划拨国有土地使用权的办法进行处置。”

根据《关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》第24条第1款：“人民法院执行集体土地使用权时，经与国土资源管理部门取得一致意见后，可以裁定予以处理，但应当告知权利受让人到国土资源管理部门办理土地征用和国有土地使用权出让手续，缴纳土地使用权出让金及有关税费。”

因此如果办理集体土地上房屋因被行使抵押权而处分时，应该先补办征收手续，转成出让土地以后，再办理转移登记。